La Mercedes Classe E è una vettura di alto livello, quindi molto complessa. E' evidente che maggiore è la complessità di una vettura, maggiore sarà l'onere della sua manutenzione, e una manutenzione non ben eseguita sarà la massima responsabile di tutti i problemi di una vettura di questa levatura. Detto questo possiamo dire che il suo problema è l'Airmatic, il sistema di sospensioni che è di alto livello, ma molto delicato e deve essere sottoposto a manutenzione costante. Anche il sistema di infotainment è soggetto a guasti, essendo molto sofisticato. Il problema più grosso è tuttavia quello al sensore di NOx, che è soggetto a guasti e questo può provocare prestazioni scadenti, specialmente nel motore diesel OM651.